Istnieje kilka kluczowych różnic między komórkami roślin i zwierząt, takich jak struktura ściany komórkowej, obecność lub brak plastydów, lizosomów i centrioli oraz kształt wakuoli. Te cechy są podstawowymi i najbardziej wyraźnymi różnicami między komórkami roślin i zwierząt. Jednak istnieją tylko w organizmach sklasyfikowanych jako eukariotyczne i występują głównie w centralnych organellach.
Struktura ściany komórkowej różni się znacznie między komórkami roślin i zwierząt. W komórkach roślinnych ściany mają kształt, ale nie mają jasno określonej i sztywnej struktury; biolodzy nazywają to niemal obecnymi ścianami. Z drugiej strony komórki zwierzęce nie mają ścian komórkowych obecnych poza ich błonami komórkowymi. W komórkach roślinnych plastydy znajdują się w cytoplazmie, podczas gdy w komórkach zwierzęcych brakuje plastydów. Większość komórek zwierzęcych zawiera lizosomy, które są zlokalizowane głównie w cytoplazmie. Komórki roślinne zazwyczaj nie mają lizosomów; jeśli tak, struktury te są również zlokalizowane w ich cytoplazmach. Organelle zwane centriolami występują w niektórych komórkach roślinnych, ale występują tylko w komórkach niższych odmian roślin. Centriole znajdują się jednak we wszystkich komórkach zwierzęcych. Ostatnia podstawowa różnica między komórkami roślin i zwierząt polega na tym, że wszystkie komórki roślinne zawierają struktury zwane wakuolami, które są wypełnione żelowym sokiem komórkowym. Niektóre komórki zwierzęce zawierają również wakuole; jeśli są obecne, te wakuole są tymczasowe lub małe i kurczliwe.
