Zwoje podstawne odgrywają pewną rolę w wielu funkcjach mózgu, w tym w mimowolnej kontroli motorycznej i niektórych funkcjach poznawczych. Dokładna funkcja zwojów podstawy jest wciąż badana i obserwowana , chociaż ustalono, że obszar ten odgrywa pewną rolę w chorobie, w tym chorobie Parkinsona i chorobie Huntingtona. Obie te choroby wpływają na obszary kontroli motorycznej mózgu.
Wraz z pomocą, którą zwoje podstawy dają ruchom ciała, odgrywa ona także rolę w wielu procesach poznawczych. Obszar ten ma wiele ścieżek, które krążą nie tylko przez zwoje podstawy, ale także przez przedczołową korę skojarzeniową i korę limbiczną. Badania pokazują, że te pętle i połączenia odgrywają rolę w wyborze lub umożliwieniu wielu funkcji poznawczych, emocjonalnych i wykonawczych w mózgu.
Ten obszar mózgu, umiejscowiony u podstawy przodomózgowia w pobliżu wzgórza, również odgrywa ważną rolę w funkcji pamięci w ludzkim mózgu. Ludzie z zaburzeniami tej części mózgu mają problemy z zapamiętywaniem i zadaniami z prawdopodobieństwem. Ponieważ jądra podstawne są połączone z korą mózgową, wzgórzem i pniem mózgu, obszar ten odgrywa rolę w wielu funkcjach w ciele, z których wiele wciąż się uczy.
