Rekombinacja somatyczna odnosi się do procesu obejmującego tworzenie genów immunoglobin poprzez rekombinację genetycznych elementów linii płciowej lub segmentów genu immunoglobiny w obrębie pojedynczego locus. Proces ten zachodzi w pierwotnej tkance limfatycznej, który jest szpikiem kostnym dla komórek B i grasicy dla komórek T. Rekombinacja somatyczna poprzedza kontakt z antygenem i występuje podczas rozwoju limfocytów B w szpiku kostnym.
U ssaków segmenty genów immunoglobiny są uporządkowane w grupy zmiennych (V), różnorodności (D), łączenia (J) i eksonów stałych (C). W przypadku limfocytów kręgowych rekombinacja somatyczna prawie losowo łączy segmenty genów zmiennych, zróżnicowanych i łączących. Losowe wybory różnych genów prowadzą do zróżnicowanego kodowania białek, dopasowania antygenów z bakterii, pasożytów, wirusów, komórek dysfunkcyjnych i pyłków.
Jeden DH i jeden JH są losowo łączone z usunięciem całego interweniującego DNA (łączenie D-J). Następnie następuje losowe łączenie segmentu VH z rearanżowanym segmentem DJH. Przerwane sekwencje między VDJH i CH są transkrybowane do pierwotnego mRNA. W jądrze splicing pierwotnego mRNA wytwarza dojrzały przekaz, który ulega translacji na łańcuch H podczas transportu w cytoplazmie. Ludzki DNA łańcucha H ma około 50 funkcjonalnych segmentów VH, 30 segmentów DH i sześć segmentów JH. Pierwsze dwa CDR i trzy FR regionu zmiennego łańcucha ciężkiego przechodzą kodowanie przez VH.
Losowe tworzenie wielu różnych kombinacji VJL i VDJH generuje kombinatoryczną różnorodność. Z drugiej strony, nieprecyzyjne łączenie segmentów genów i dodawanie nukleotydów do miejsc składania sekwencji DNA prowadzi do różnorodności połączeń.
