Dorosłe wielkie niebieskie czaple mają niewiele drapieżników oprócz bobkotów, kojotów i sporadycznie dużych drapieżników, ale jaja czaplowe są podatne na drapieżnictwo przez wrony, mewy, kruki, lisy i szopy. Wielkie niebieskie czaple są dość duże gdy jest w pełni dorosły, co zmniejsza ryzyko padnięcia ofiarą drapieżników. Ich jaja są jednak znacznie bardziej bezbronne i narażone na ryzyko ze strony ziemskich ssaków i innych ptaków.
Czapla niebieska buduje gniazda stosunkowo wysoko nad ziemią, często w wysokich drzewach i na wierzchołkach telefonu i słupów narzędziowych. Pomaga to utrzymać jaja z dala od niektórych ssaków, takich jak lisy i kojoty. Mimo najlepszych starań rodziców śmiertelność wielkich jajek czapli jest jednak dość wysoka. Podczas budowania gniazd chroni jaja czaplowe przed drapieżnikami naziemnymi, zapewnia niewielką ochronę przed drapieżnikami w powietrzu, którymi są głównie duże ptaki, takie jak jastrzębie, sępy, orły i inne drapieżniki. Czasami grupy mniejszych ptaków, takie jak kruki i wrony, atakują gniazda czapli w stadach i biorą w tym czasie jaja. Gniazda czapli są mocne w budowie i często wzmacniane miękkimi materiałami, ale oferują pisklątom niewielką ochronę przed żywiołami. Dlatego warunki środowiskowe, takie jak ulewny deszcz, śnieg i zimne wiatry, mogą również zabić młode czaple. Wreszcie, zanieczyszczenia i toksyczne chemikalia, takie jak DDT, stanowią długoterminowe zagrożenie dla niektórych populacji.
