Wiele osób uważa największą porażkę Thomasa Jeffersona za rezygnację z walki z niewolnictwem. Podczas gdy niewolnictwo postrzegało niewolnictwo jako "ohydną plamę" dla ludzkości i podjęło kilka prób jego zniesienia, ostatecznie w górę, decydując się na walkę tylko w tych bitwach, które mógłby wygrać.
Rzeczywiście, jako główny autor Deklaracji Niepodległości Jefferson zawarł klauzulę o niewolnictwie, ale została ona odrzucona, zanim dokument mógł zostać zatwierdzony. Choć fakt ten wciąż jest często kwestionowany, prezydencja Jeffersona uległa dalszemu pogorszeniu z powodu twierdzenia, że był ojcem pięciorga dzieci niewolnicy Sally Hemings. Wreszcie, instytucja Embarga, stworzona przez Jeffersona, mająca na celu przerwanie działań wojennych między Wielką Brytanią i Francją, zrujnowała gospodarkę południową, zraziwszy zwolenników, których opuścił.
