Nazewnictwo bakterii odbywa się zgodnie z dwumianowym systemem wprowadzonym przez Carla Linnaeusa. Bakteria ma nazwę rodzajową, która wskazuje rodzaj, do którego należy, oraz epitet gatunkowy. Epitety identyfikują jednostki podrzędne w ramach rodzaju. Nazwa rodzaju i epitet gatunku tworzą razem nazwę naukową lub nazwę gatunku bakterii. Nazwa jest tworzona za pomocą łacińskich lub Latinized greckich słów.
"Międzynarodowy Kod Nomenklatury Bakterii" to książka, która zawiera ścisłe międzynarodowe zasady nazewnictwa bakterii. Przed przyjęciem proponowanej nazwy gatunku bakterii przepisy wymagają opublikowania artykułu naukowego na temat gatunku i zatwierdzenia artykułu przez międzynarodową komisję taksonomiczną. Nazwa naukowa zawsze jest pisana kursywą. Nazwę rodzaju bakterii często upraszcza się, używając trywialnych nazw, które nie są napisane kursywą lub wielką pierwszą literą. Lactobacilli, gronkowce, prątki, salmonella i paciorkowce to niektóre trywialne nazwy. Nigdy nie używaj błahych nazw całego rodzaju do odnoszenia się do określonego gatunku bakterii. Czasami konieczne jest dzielenie gatunku bakterii na podgatunki. Podtyp podgatunku służy do wprowadzania podgatunku. Na epitet wskazuje pisanie ssp. lub subsp. przed nim.
