Nie zaleca się destylacji roztworu do sucha, ponieważ pozostałość pozostawiona w kolbie destylacyjnej może spowodować zapłon lub wybuch. Podobna konsekwencja może wystąpić, jeśli złącza aparatury nie są szczelnie zabezpieczone .
Środki ostrożności są ważne przy przeprowadzaniu destylacji prostych i frakcyjnych, ponieważ osoby wykonujące eksperyment i te w otaczających obszarach mogą zostać skrzywdzone. Na początku eksperymenty z destylacją powinny być przeprowadzane w obszernych i dobrze wentylowanych pomieszczeniach. Tam, gdzie występuje swobodny przepływ powietrza, jest mniej miejsca na gromadzenie się szkodliwych oparów.
Sprzęt gaśniczy, taki jak gaśnice, powinien znajdować się w zasięgu podczas przeprowadzania doświadczeń z destylacją. Jest to ważny środek ostrożności, zwłaszcza podczas pracy z łatwopalnymi cieczami, takimi jak etanol. Bezpiecznie zbieraj destylat i nie pal tytoniu, aby zminimalizować ryzyko pożaru.
Podczas przeprowadzania eksperymentu destylacyjnego zaleca się ciągłe monitorowanie temperatury, aby ciecze nie zagotowały się w niekontrolowany sposób. Jeżeli źródło ciepła jest elektryczne, zaleca się zainstalowanie wyłącznika automatycznego na linii elektrycznej. Również systemy zamknięte nigdy nie powinny być podgrzewane, ponieważ szkło może eksplodować w wyniku rosnącego ciśnienia.