Ekosystem słodkowodnych jest rodzajem ekosystemu wodnego o niskim stężeniu soli. Obejmuje jeziora, stawy, źródła, rzeki, strumienie i mokradła. Można go podzielić na dwie kategorie: ekosystem wód stojących i niegazowanych oraz ekosystem jadowitej lub płynącej wody.
Jeziora i stawy należą do ekosystemu soczewkowego. Te zasoby wody mogą wynosić od kilku metrów kwadratowych do setek tysięcy kilometrów kwadratowych. Największe jezioro, Lake Baikai w Azji Środkowej, stanowi około jednej piątej słodkiej wody na Ziemi. Jeziora i stawy mają zwykle niewielką różnorodność gatunkową i są odizolowane od innych części wód.
Strumienie i rzeki to ciała płynącej wody biegnące w jednym kierunku. Woda z ekosystemu jadowitego pochodzi ze źródeł, stopionego śniegu w górach, a nawet jezior. Woda kończy się w ich ustach, a następnie wchodzi do innego kanału rzecznego, jeziora lub oceanu. Ujście, inne środowisko wodne, powstaje, gdy woda słodka ze środowiska rzeki miesza się z słoną wodą z ekosystemu morskiego.
Mokradła słodkowodne to ukształtowanie terenu nasycone wodą sezonowo lub na stałe. Ze względu na glebę wodną na terenach podmokłych kwitnie wiele gatunków roślin i zwierząt. Różnorodna przyroda występująca na terenach podmokłych jest przystosowana do życia w nasyconych warunkach glebowych. Przykłady mokradeł to bagna, namorzyny, mokradła, bagna i torfowiska.
