Główną różnicą między profazą I i profazą II jest proces rekombinacji genetycznej, który występuje podczas profazy I, ale nie powtórzy się w profazie II. Podczas profazy I zduplikowane pary homologiczne krzyżują się i krzyżują ponad, który jest procesem, w którym chromatydy wymieniają informacje genetyczne. Ponieważ ten proces występuje podczas profazy I, nie trzeba go powtarzać podczas profazy II.
Propaza I i II to pierwsze etapy dwufazowego procesu mejozy, który jest podziałem komórkowym odpowiedzialnym za wytwarzanie komórek płciowych lub gamety, które powodują zmiany genetyczne. Każda z otrzymanych gamet ma połowę materiału genetycznego z oryginalnej komórki macierzystej. Według Prentice Hall, podczas profazy I, dwie nie-siostrzane chromatydy łączą się, tworząc tetrad i wymieniają informacje genetyczne. Ponieważ każdy nie-siostrzany chromatyd pochodzi z komórki ojcowskiej i komórki matczynej, zmienność genetyczna powstaje, gdy każda komórka krzyżuje lub wymienia informacje z drugą. Ze względu na czas trwania tego procesu, profaza I zużywa 90 procent czasu dwuczęściowego procesu mejozy; stąd profaza I jest znacznie dłuższa niż profaza II.
Podczas profazy II, która pojawia się podczas drugiej fazy mejozy znanej jako mejoza II, jądro rozpada się i powstaje aparat wrzeciona. Następnie chromosomy zaczynają migrować w dół do środka komórki. Te procesy występują również podczas profazy I.
