Główną różnicą między prionami i wirusami jest to, że chociaż oba powodują choroby, priony nie mają własnego materiału genetycznego. Według Mercka priony różnią się także od wirusów w tym, że warunki prionowe są zawsze śmiertelne. Większość wirusowych chorób może przetrwać. Priony częściej uderzają w układ nerwowy niż w jakiejkolwiek innej części ciała.
Wirusy rozmnażają się poprzez wstrzykiwanie materiału genetycznego do żywych komórek, które są następnie przejęte i wykorzystywane do produkcji większej liczby wirusów. Priony, w przeciwieństwie do jakiegokolwiek żywego patogenu, nie mają genów. Jak opisuje Merck, pewne priony, takie jak te odpowiedzialne za chorobę Creutzfeldta-Jakoba i śmiertelną bezsenność, powstają w wyniku nieprawidłowego fałdowania normalnie występujących białek w każdej komórce ciała. Te nieprawidłowe białka są chemicznie identyczne z ich niepatogenną postacią, ale ich nienormalna struktura zmienia ich funkcję w komórce. To często powoduje powstawanie pęcherzyków w komórkach mózgu i prowadzi do stopniowej śmierci tkanki nerwowej w ośrodkowym układzie nerwowym. Proces ten zawsze kończy się śmiercią i nie można go wyleczyć. W przeciwieństwie do wirusów, priony nie muszą być zakontraktowane z zainfekowanego źródła, chociaż czasami są i czasami mogą tworzyć się spontanicznie w ciele ludzkim z powodów, które są słabo rozumiane.
