Grzyby są kluczem do ekosystemu, ponieważ działają jako główne rozkładacze, symbiotry roślin i pasożyty. Rozkładające się grzyby są wyjątkowo dobrze przystosowane do rozkładania tkanek roślinnych, szczególnie drewna, i zwracania dużych ilości węgla do atmosfery w ten sposób. Są zatem głównymi częściami cyklu węglowego.
Chociaż rozkładające się drewno jest jedną z ich najważniejszych ról, grzyby rozkładają również inne materiały organiczne. Grzyby pomagają również w przetwarzaniu gleby, rozkładaniu traw i rozkładaniu odchodów zwierzęcych. Bez tych dekompozytu materiały te będą pozostawać w środowisku dłużej, zanim zostaną przekształcone w materiały przydatne dla innych organizmów.
Inne rodzaje grzybów pomagają drzewom rosnąć. Grzyby te rosną wraz z korzeniami drzew, otrzymując wodę i związki organiczne w zamian za uczynienie pewnych niezbędnych minerałów bardziej dostępnymi dla drzew. Poszczególne gatunki grzybów często są specyficzne dla określonego gatunku drzewa. Grzyby zazwyczaj nie mogą przetrwać bez drzew, podczas gdy drzewa nie rosną równie dobrze bez grzybów.
Grzyby pasożytnicze mogą być bardzo niszczycielskie, atakując zarówno rośliny, jak i zwierzęta. Należą do nich najbardziej niebezpieczne patogeny roślin. Tylko jeden gatunek jest podejrzany o niszczenie miliardów kasztanów. Pasożyty grzybicze mogą również atakować ludzi, powodując choroby, takie jak niektóre rodzaje zapalenia płuc.
