Negatywne plamy nie koloryzują komórek, ponieważ ściana komórek bakterii odpycha barwnik. Barwniki stosowane do negatywnych plam są kwaśne i nie przenikają przez ujemnie naładowane ściany komórkowe. Z tego powodu tylko tło slajdu będzie kolorowe.
Główną zaletą stosowania ujemnego plamki nad dodatnim barwnikiem jest to, że można przeprowadzić ujemne plamy bez konieczności utrwalania termicznego próbki, umożliwiając zachowanie próbki w jak największym stopniu bez zniekształceń. Dzięki tej procedurze morfologia, rozmieszczenie i rozmiar bakterii są zachowane i można je określić dokładniej.
