Główną przyczyną zagrożenia dla pszczół miodnych są pasożyty, w tym roztocza tchawicy i warrozy wprowadzone do Ameryki Północnej w latach 80. XX wieku. Pasożyty te powodują choroby, które mogą być szkodliwe dla kolonii pszczół, takie jak choroba, która powoduje pojawienie się nowo powstałych pszczół ze zniekształconymi skrzydłami i niezdolnością do latania.
Chociaż opracowano mitycydy, które są skuteczne przeciwko tym roztoczom, od 2015 roku roztocza zaczynają wykazywać odporność na działanie chemikaliów. Naukowcy opracowują szczep odpornych na roztocza pszczół miodnych w nadziei na ponowne zaludnienie pszczół w dotkniętych obszarach.
Inną przyczyną spadku populacji pszczół jest wylesianie i niszczenie rodzimych siedlisk ze względu na budowę parkingów, centrów handlowych i innych budowli.