Rafy koralowe są zagrożone z powodu rosnącej temperatury na świecie, zanieczyszczenia i przełowienia. Szacuje się, że około 1/5 wszystkich raf koralowych na planecie zostało zniszczonych. Pozostałe mogą potencjalnie zniknąć do 2050 roku.
Globalne ocieplenie jest takim problemem dla raf koralowych, że w 2005 roku oszacowano, że 50 procent raf koralowych na Florydzie i prawie 90 procent raf koralowych na Wyspach Dziewiczych zmarło po tygodniach podwyższonej temperatury wody. Rosnące temperatury powodują, że woda jest kwaśna dla rafy, co powoduje, że rafa jest bardziej podatna na choroby i uszkodzenia.
Zanieczyszczenie może spowodować, że rafa wytrzyma obrażenia i udusi się. Śmieci i osady, które są spowodowane zanieczyszczeniem ludzi, mogą gromadzić się wokół rafy, uniemożliwiając jej uzyskanie składników odżywczych potrzebnych do przetrwania. Proste rzeczy, takie jak używana żyłka w wodzie, mogą zaplątać się w rafę koralową powodując uszkodzenia i śmierć koralowców.
Aby rozwiązać te problemy, Fundacja Odbudowy Koralowców pracuje nad odbudową raf koralowych, które zostały uszkodzone lub zniszczone. Fundacja posiada podwodne szkółki, w których młody koralowiec może dojrzewać przez co najmniej rok, zanim zostanie przeszczepiony na istniejące rafy koralowe.
