Wielka Rafa Koralowa jest ważna z wielu powodów. Chroni wybrzeża przed szkodliwymi skutkami tropikalnych sztormów i fal, pomaga w wiązaniu węgla i azotu, pomaga w recyklingu składników odżywczych i zapewnia siedlisko różne gatunki organizmów morskich, według Muzeum Queensland.
Wielka Rafa Koralowa i rafy koralowe, tak jak obsługują więcej gatunków na jednostkę powierzchni niż jakiekolwiek inne środowisko morskie. Ta różnorodność biologiczna ma kluczowe znaczenie w odkrywaniu nowych leków i metod leczenia chorób. Rafy koralowe są również ważne dla sukcesu ekonomicznego. Turystyka rafa koralowa zwiększa lokalne gospodarki poprzez rekreację związaną z rafą oraz poprzez restauracje i noclegi dla turystów. Rafy koralowe są znaczącym zasobem dla rybołówstwa w USA, jak podaje National Oceanic and Atmospheric Administration.
Rafy koralowe pogarszają się z powodu ingerencji człowieka. Łodzie i rekreacyjny kontakt powodują fizyczne uszkodzenia raf. Odpływ osadów, zanieczyszczeń, substancji odżywczych z rolnictwa, przemysłu, ścieków i oczyszczanie gruntów w zlewni zagraża zdrowiu raf koralowych. Niska jakość wody, podwyższona temperatura wody i zwiększone zanieczyszczenie stwarzają większe prawdopodobieństwo chorób koralowców, które są odpowiedzialne za powszechną śmiertelność różnorodności biologicznej obserwowaną w ciągu ostatnich trzech dekad, donosi amerykańska Agencja Ochrony Środowiska.