Kryształy mineralne powstają na powierzchni i głęboko w ziemi. Wyrastają z oparów zawierających wiele składników mineralnych. Wiele kryształów tworzy się w miejscach wulkanicznych, gdzie gorące gazy napotykają na niskie temperatury.
Większość kryształów mineralnych tworzy się w stopionych skałach. Są tworzone blisko siebie, gdy magma się ochładza i są one wytwarzane w nieregularnych kształtach. Niektóre kryształy mają kształt kostki, podczas gdy inne mają kształt trójkąta. Doskonałe kryształy mają proste krawędzie, takie jak kostki soli. Jednak większość kryształów nie ma doskonałych kształtów. Wynika to z faktu, że kryształy rosną w ograniczonych przestrzeniach w ziemi i nie mają wystarczającej przestrzeni, aby formować równomiernie we wszystkich kierunkach. Niektóre kryształy mają w niektórych miejscach proste krawędzie, ale zaokrąglone lub postrzępione w innych obszarach.
Roztwory bogate w minerały znajdujące się w przestronnych wnękach skalnych wytwarzają duże i dobrze uformowane kryształy. Kryształy zaczynają rosnąć na ścianach skalnych, na innych kryształach i na cząsteczkach pyłu, gdy roztwory zostają w pełni nasycone składnikami mineralnymi. Długość czasu, w jakim kształtuje się kryształy, zmienia się w zależności od stężenia roztworu i zmian temperatury. Niektóre kryształy powstają w ciągu kilku minut, podczas gdy inne potrzebują tysięcy lat, by rosnąć.