Większość aktywności łańcucha transportu elektronów występuje w mitochondrialnej błonie komórkowej komórki. To tutaj łańcuch transportu elektronów otrzymuje białka potrzebne do prawidłowego funkcjonowania.
Łańcuch transportu elektronów jest ostatnim etapem oddychania komórkowego. Podczas tego etapu elektrony są usuwane z FADH2 i NADH. Następnie są przenoszone do cząsteczek tlenu w celu wytworzenia wody. Łańcuch transportu elektronów opiera się na trzech integralnych kompleksach białek błonowych, aby prawidłowo funkcjonowały: kompleks dehydrogenazy NADH, kompleks reduktazy cytochromu c i kompleks oksydazy cytochromu c. Większość ATP wytworzonego podczas oddychania komórkowego jest generowana przez łańcuch transportu elektronów.