Według bazy gadów większość węży ma 36 par chromosomów. Dwadzieścia chromosomów uważa się za mikromosomosomy, a reszta to makrochromosomy. Jednak termin "węże" odnosi się do ponad 3400 różnych gatunków, a wiele z nich nie miało zbadanych kariotypów, więc mogą istnieć pewne różnice.
W przeciwieństwie do wielu gadów, takich jak krokodyle, żółwie i niektóre gekony, płeć węży jest determinowana przez ich chromosomy, a nie warunki środowiskowe otaczające rozwijające się jaja. Jednakże węże wykazują odwrotny wzór niż ten, który demonstrują ludzie. Podczas gdy mężczyźni płci męskiej są płci heterogamicznej, z chromosomem X i Y, żeńskie węże są heterogamiczne i mają chromosom Z i W.
