Organizmy jednokomórkowe jedzą przy użyciu procesów zwanych fagocytozą. Ten proces pozwala jednokomórkowemu organizmowi przynieść jedzenie do wewnętrznej części komórki w celu trawienia.
Połączenie substancji chemicznych na powierzchni jednokomórkowego organizmu, jak również pożądanego pożywienia, pozwala organizmowi rozpoznać jedzenie i przywiązać się do substancji, którą chce jeść. Po przyłączeniu organizm owija zewnętrzną warstwę, która nazywa się zewnętrzną błoną komórkową, całkowicie wokół cząstki jedzenia. Gdy pokarm zostanie pochłonięty przez zewnętrzną błonę komórkową, błona zacznie szczypać w kierunku wnętrza komórki, tworząc worek w komórce, która zawiera pokarm zwany wakuolą. Pustka i jedzenie razem są nazywane fagosomami.
Następnie fagosom wchodzi w kontakt z lizosomem. Lizosom to wakuola, która zawiera enzymy. Następnie lizosom wstrzykuje te enzymy do fagosomu, a gdy już znajdą się w środku, enzymy rozkładają pokarm na poszczególne cząsteczki. Gdy z pożywienia pozostały tylko pojedyncze organizmy, uważa się je za strawione lub zjedzone. Cząsteczki te można następnie wykorzystać do paliwa i budowy czegokolwiek potrzebnego organizmowi jednokomórkowemu.
