Identyfikacja kojotów obejmuje obserwację rozmiaru, koloru i cech fizycznych, a także słuchanie wokalizacji. Kojoty są mniejsze od wilków i są mniej więcej wielkości małego owczarka niemieckiego. Mają długie, spiczaste twarze, wąskie kagańce i duże trójkątne uszy. Kojoty mogą różnić się kolorem od szarego do czerwonawego lub jasnobrązowego. Mają grube płaszcze, które często sprawiają, że wydają się większe niż w rzeczywistości.
Coyotes mają również długie, puszyste ogony z czarną końcówką. Podczas gdy lisy biegną z wyciągniętymi ogonami, kojoty poruszają się z ogonami skierowanymi w dół. Jedynym czasem, gdy kojot trzyma ogon w poziomie, jest agresja. Lisy różnią się kolorem i zmiennością na nogach w przeciwieństwie do kojotów, które mają taki sam ogólny kolor. Dodatkowo, kojoty mają wyraziste żółte oczy, które pomagają im widzieć w słabym świetle.
Innym sposobem identyfikacji kojotów jest słuchanie ich rozmów. Są serią wysokich pejczów, szczeka i wycie. Szczekanie często brzmi podobnie do psa domowego. Tory Coyote mogą również pomóc w identyfikacji. Odbitki przedniej łapy są większe niż tylne, które mają wyraźnie mniejsze podkładki pod stopy. Kojoty mają również ślady pazurów, które są widoczne, gdy ziemia jest miękka.
