Przyczyna śmierci Johna Hancocka nie jest znana. Wiadomo jednak, że miał podagrę i jego zdrowie zanikło kilka lat przed śmiercią. Zmarł w swoim domu w 1793 roku w wieku 56 lat, nadal będąc gubernatorem Massachusetts.
Choć John Hancock odegrał kluczową rolę w organizacji kolonii i założeniu Stanów Zjednoczonych, jest on najbardziej znany ze swojego podpisu. Trudno nie zauważyć podpisu Johna Hancocka podczas recenzowania kopii Deklaracji Niepodległości. Jest łatwo czytelny i rozpoznawalny na dokumencie. W momencie podpisania Hancock był prezesem Kongresu Kontynentalnego. Jako taki był pierwszym, który podpisał dokument. Legenda głosi, że Hancock podpisał swoje nazwisko tak odważnie, ponieważ chciał, aby król Anglii mógł odczytać jego imię bez okularów. Do dziś prośba o "umieszczenie twojego Johna Hancocka" w dokumencie jest sposobem na poproszenie kogoś o podpisanie. Chociaż Hancock miał aspiracje prezydenckie, kiedy nadszedł czas, aby wybrać urzędników, którzy rządzą nowo powstałymi Stanami Zjednoczonymi, został pokonany przez George'a Washingtona w pierwszych wyborach prezydenckich.
