Klasyfikacja 28 000 żywych gatunków ryb różni się od jednej do drugiej; jednak wszystkie są częścią Królestwa Zwierząt, typu Chordata i subphylum Vertebrata. W tym podfluszu cztery różne klasy zawierają ryby, w tym Myxini, Cephalspidmomorphi, Chondrichthyes i Osteichthyes. Te cztery klasy są podzielone na liczne rodziny, rodzaje, gatunki i podgatunki.
Mxyini i Cephalspidomorphi składają się odpowiednio z prymitywnych śluz i lamprejów. Ryby te nie mają szczęk i są uważane za potomków niektórych z najstarszych ryb. Klasa Chondrichthyes składa się z rekinów, promieni i ich sojuszników. Ryby te nie mają kostnych szkieletów, a zamiast nich są chrząstkowe szkielety. Wreszcie, Osteichthyes są reprezentowane przez kościste ryby. Najczęściej spotykane, znane ryby, takie jak pstrąg, bas i okoń, są członkami kościanych ryb.
Podczas gdy klasyfikacja naukowa dużych ugrupowań raczej się nie zmieni i jest poparta dużą ilością dowodów, wiele aspektów taksonomii ryb jest przeznaczonych do zmiany w najbliższej przyszłości. Wiele grup ryb jest bardzo słabo poznanych i może być znane tylko z kilku okazów. Może to utrudnić umieszczenie ich we właściwym miejscu w drzewie genealogicznym ryb.
