Enzymy to białka składające się z łańcuchów aminokwasów połączonych wiązaniami peptydowymi. Cząsteczka enzymu może mieć jeden lub więcej z tych łańcuchów polipeptydowych.
Sekwencja aminokwasów w łańcuchach polipeptydowych jest odrębna w każdym enzymie i to właśnie określa unikalny trójwymiarowy kształt, w którym łańcuchy są składane. To właśnie ta trójwymiarowa struktura enzymu determinuje jego działania.
Wiele enzymów zawiera także dodatkowy niebiałkowy składnik nazywany koenzymem lub kofaktorem. Może to być cząsteczka organiczna lub jon metalu. Niektóre enzymy mają koenzymy ściśle związane z białkiem, podczas gdy inne zawierają koenzymy, które szybko ulegają dysocjacji. Te koenzymy są niezbędne do wykonania enzymu.
Większość enzymów może być rozłożona lub inaktywowana. Rozwijanie łańcuchów peptydowych jest możliwe, jeśli są one wystawione na działanie wysokich temperatur lub kwaśnych lub zasadowych warunków. Jest to nazywane denaturacją. Denaturacja enzymów może być odwracalna lub nieodwracalna; zależy to jednak od enzymu.
Ogrzewanie enzymu poza określoną temperaturę spowoduje trwałe zniszczenie enzymu. Większość enzymów działa dobrze we właściwej temperaturze i pH. Na przykład enzym pepsyna działa najlepiej, gdy pH wynosi około 1,5. Jednak większość enzymów nie będzie działała, dopóki temperatura i pH nie będą odpowiednie.