Żywność ekologiczna jest uprawiana przy użyciu tradycyjnych metod uprawy, które promują zdrowie środowiskowe i bez nawozów chemicznych, pestycydów i przetwórstwa przemysłowego, a genetycznie zmodyfikowane organizmy to rośliny lub zwierzęta, które zmodyfikowano przy użyciu technik inżynierii genetycznej w celu bezpośredniej zmiany DNA organizmu . Podczas gdy GMO można hodować za pomocą technik organicznych, modyfikacja genetyczna ogólnie sprawia, że rośliny nie kwalifikują się do etykiety ekologicznej.
Podczas gdy organiczne i GMO są przedmiotem gorących dyskusji w branży spożywczej i zdrowotnej, faktyczna definicja jednego z nich zależy od kraju, który egzekwuje klasyfikację. Etykiety ekologiczne na ogół wymagają pewnego rodzaju certyfikacji, że dany produkt nie używa żadnych jakichkolwiek dodatków syntetycznych, ale rzeczywiste warunki produkcji mogą być bardzo różne u różnych producentów. Z reguły jednak produkty ekologiczne nie mogą zawierać żadnych genetycznie zmodyfikowanych organizmów.
Organizmy zmodyfikowane genetycznie stanowią siedlisko kontrowersji ze względu na nienaturalne przeróbki genów roślin i zwierząt. Zwolennicy tej technologii zwracają uwagę na uprawy takie jak złoty ryż, które zostały zmienione, by dostarczyć głodowym populacjom niezbędne składniki odżywcze. Przeciwnicy wskazują na potencjalne reakcje alergiczne międzygatunkowe, a także na ekonomiczne skutki zdolności patentowania żywych organizmów, co zmusza rolników do płacenia opłat licencyjnych za uprawę roślin.
