Istnieje kilka różnic między ekosystemami naturalnymi i sztucznymi, w tym zrównoważony rozwój, różnorodność i cel. Naturalny ekosystem ma różnorodne gatunki i rośliny, podczas gdy sztuczne ekosystemy są ograniczone. Naturalne ekosystemy są samowystarczalne i wynikają ze spontanicznej naturalnej reakcji, podczas gdy sztuczne ekosystemy wymagają pomocy ludzi.
Naturalny ekosystem jest wynikiem interakcji między organizmami a środowiskiem. Na przykład ocean jest klasyfikowany jako ekosystem morski, który składa się z alg, konsumentów i rozkładających się organizmów. Cykl występuje w tego typu ekosystemie, który zaczyna się od konwersji energii alg przez fotosyntezę. Po tym jak konsumenci żywią się algami, energia jest przenoszona między organizmami. Kiedy konsumenci umierają w tym systemie, rozkładacze przekształcają je w materię organiczną. Proces ten zachodzi naturalnie przez pewien czas, podczas gdy w sztucznym ekosystemie wymagana jest interwencja człowieka.
Sztuczny ekosystem nie jest samowystarczalny, a ekosystem ginąłby bez ludzkiej pomocy. Na przykład farma jest sztucznym ekosystemem, który składa się z roślin i gatunków poza ich naturalnym środowiskiem. Bez ludzi ten ekosystem nie mógłby przetrwać. Rośliny i zwierzęta potrzebują pomocy ludzi, aby jeść i przeżyć. Celem sztucznych ekosystemów jest rekreacja, edukacja lub zysk. Celem naturalnych ekosystemów jest po prostu naturalne okoliczności.
Inną ważną różnicą między naturalnym ekosystemem a sztucznymi ekosystemami jest różnorodność. Naturalne ekosystemy zawierają więcej naturalnych czynników i organizmów. Związki między organizmami, sobą nawzajem i środowiskiem w tym ekosystemie są bardziej złożone niż sztuczne ekosystemy.