Cząsteczka składa się z co najmniej dwóch atomów tego samego pierwiastka, podczas gdy związek obejmuje co najmniej dwa elementy. Przykładem cząsteczki może być wodór cząsteczkowy, który ma dwa atomy wodoru i jest reprezentowany jako H2. Przykładem związku może być woda (H2O), która ma dwa atomy wodoru i jeden atom tlenu.
Związki zawierają w sobie cząsteczki. Na przykład wodór w wodzie jest cząsteczką, ponieważ istnieją co najmniej dwa atomy pierwiastka; tlen nie byłby jednak cząsteczką samą w sobie, ponieważ istnieje tylko jeden jej atom. Niektóre inne przykłady cząsteczek obejmują azot cząsteczkowy (N2) i tlen cząsteczkowy (O2), a niektóre inne związki obejmują metan (CH4) i dwutlenek węgla (CO2).
