Podstawową różnicą pomiędzy transportem aktywnym i pasywnym jest to, że transport pasywny nie wymaga stosowania energii zewnętrznej, podczas gdy aktywny transport ma. Oba procesy przenoszą cząsteczki przez błonę komórkową, ale transport pasywny zawsze zajmuje przewaga istniejących gradientów stężenia, aby umożliwić naturalną dyfuzję cząsteczek.
W przeciwieństwie do pasywnych mechanizmów transportu, aktywny transport może działać przeciwko gradientowi stężenia, aby rozprowadzić niezbędne cząsteczki w sposób, który pomaga utrzymać chemiczną równowagę komórki. Pasywny transport może być tak prosty jak dyfuzja przez dwuwarstwę błony komórkowej lub może mieć postać osmozo-wo-ułatwionej osmozy. Czasami, tak jak w przypadku pompy wapniowej komórki, specjalne białka transportowe mogą działać w celu ułatwienia wchłaniania i wydzielania bez bezpośredniego podawania energii z cząsteczek adenozyny, trifosforanu lub ATP.
Aktywny transport wymaga energii do pracy. Proces ten stosuje się do transportu cząsteczek pod kątem stężenia lub gradientu ciśnienia i zużywa ATP. Aktywny transport jest odpowiedzialny za wymianę glukozy w komórkach jelita cienkiego i utrzymanie równowagi jonów w komórkach mózgowych, co pozwala im efektywnie przewodzić impulsy elektryczne. Pompa sodowa jest kolejnym przykładem podstawowego transportu aktywnego.