Suma protonów i neutronów jest liczbą masową. Masa atomu zawarta jest głównie w jądrze, w którym żyją protony i neutrony. Masa elektronu nie przyczynia się znacząco do masy atomu.
Każdemu protonowi i każdemu neutronowi nadaje się masę atomową równą jeden. Ponieważ elektron nie ma prawie żadnej masy, w masie bierze się tylko pod uwagę masy protonów i neutronów. Liczba mas jest różna dla każdego izotopu elementu. Izotopy są formami tego samego pierwiastka, które mają różną liczbę neutronów w jądrze. Masa atomowa pokazana w układzie okresowym zawiera średnią ważoną izotopów pierwiastka.