Mechanizm barwienia grzybów przez błękit bawełny laktofenolowej polega na zastosowaniu laktofenolu jako środka czyszczącego, co oznacza, że jest w stanie zabić organizm. Następnie kwas mlekowy zachowuje strukturę grzyba. Bawełniany błękit może zabarwić cytoplazmy o odcieniu jasnoniebieskiego koloru, dzięki czemu naukowcy mogą obserwować szkiełko zawierające komórki grzybów.
Barwienie próbki komórki to proces barwienia lub odróżniania niektórych części komórki od siebie wizualnie. To pozwala naukowcom rozróżnić części komórki i obserwować je wyraźniej. Barwienie organizmów eukariotycznych może być kluczowe dla zrozumienia przez człowieka pewnych procesów i zjawisk biologicznych. Zrozumienie niektórych rodzajów grzybów może być pomocne w opracowywaniu antybiotyków i innych produktów, a nawet jest wykorzystywane do fermentacji lub zapobiegania chorobom w rolnictwie.
Używając techniki barwienia błękitem laktofenolowo-bawełnianym, naukowiec musi wziąć czystą szkiełko i nałożyć kroplę roztworu laktofenolowo-bawełnianego na niebieską. Następnie sterylizowana igła może przenieść matę na ten płyn, zanim zostanie pokryta innym poślizgiem. Dzięki temu laktofenol może oczyścić i zabić organizm, a kwas mlekowy zachowuje swój kształt. Komórka może być następnie ufarbowana i obserwowana.