Do zbiorników wodnych dotkniętych kwaśnymi deszczami należą strumienie i jeziora otaczające Adirondacks i Góry Catskill, wyżyny środkowego regionu Appalachów i Górny Środkowy Zachód. Z ankiety przeprowadzonej przez Agencję Ochrony Środowiska wynika, że ponad 75 procent ze wszystkich 1000 słodkowodnych ciał większych niż 10 akrów jest zakwaszanych.
Sytuacja jest szczególnie dotkliwa w obszarach, w których zdolność buforowania gleby jest niska, ponieważ prowadzi to do narastania kwasowości gleby, gdy kwaśne deszcze spadają w sposób ciągły. Little Echo Pond w Franklin, N.Y., jest doskonałym przykładem, rejestrując pH 4,2. Strumienie, które przepływają przez regiony o niskiej zdolności do buforowania gleby, wchłaniają kwasowość gleby, uzyskując własną kwasowość. Inne źródła kwaśności strumienia to kwaśny spływ z delug i roztopowy.
Kwaśne deszcze powodują również problemy ekologiczne, w tym zmniejszenie populacji ryb w wyniku eradykacji ikry i narybku. Kwaśny deszcz hamuje wzrost drzew, naruszając ekologiczną równowagę biomów leśnych. Szybkość uwalniania jonów metali, takich jak aluminium, do ekosystemu ulega przyspieszeniu w kwaśnym środowisku. Te jony metali są toksyczne, powodując rozległe uszkodzenia ryb i zwierząt wodnych. Zniszczenie życia roślin i zwierząt z powodu kwaśnych deszczy powoduje kaskadowy efekt, w którym zagrożona różnorodność biologiczna ekosystemów powoduje komplikacje.
