Do czynników biotycznych rafy koralowej należą zwierzęta, koralowce, rośliny i niektóre formy bakterii. Te czynniki biotyczne obejmują rozprzestrzenianie się wielu różnych gatunków. Podobnie jak wiele innych systemów w przyrodzie, rafy koralowe wymagają takiej różnorodności życia, aby utrzymać stabilność w swoich populacjach. Istnieje pewna gra czynników biotycznych i abiotycznych w rafie koralowej.
Według Everday Life, rafa koralowa służy jako dom dla wielu różnych rodzajów koralowców. Koral jest małym rodzajem polipów, które rozmnażają się i tworzą kolonie. Kiedy polipy giną i zostawiają skorupę węglanu wapnia, stanowią podstawę samego koralowca.
To ustawienie jest jednak domem dla więcej niż tylko polipów. Zwierzęta, takie jak żółwie morskie, jeżowce, ryby i niektóre kraby, a także małe zwierzęta, takie jak plankton, również żyją w rafach koralowych. Istnieją również zwierzęta drapieżne, takie jak rekiny, węgorze i barrakudy. Delfiny i niektóre ptaki morskie również często odwiedzają te miejsca.
Przy całej tej aktywności rafy koralowe stają się naturalnymi przystaniami dla różnych rodzajów bakterii. Bakteria ta rozkłada martwy materiał organiczny i zamienia go na energię, którą mogą konsumować inne organizmy. Autotrofy mogą przekształcać martwą materię organiczną w energię, a także rozwijać się w rafie koralowej.