Jedynym drapieżnikiem, który nie jest człowiekiem wystarczająco dużym, aby zagrozić dorosłemu zielonemu żółwiowi, jest rekin. Jednak pisklęta są wrażliwe na kraby, mewy, rekiny, ryby i ssaki. Pomimo zagrożenia, zielone żółwie morskie są również podatne na ludzi, którzy zabijają ich za mięso, muszle i jaja.
Zielone żółwie morskie są najbardziej wrażliwe, gdy właśnie się wykluły. Jako pisklęta pracują razem, aby wykopać się na powierzchnię plaży i udać się do oceanu, wykorzystując odbicie światła księżyca na powierzchni wody, aby prowadzić. Jednak sztuczne światła mogą spowodować dezorientację i pójść w złym kierunku, przyczyniając się do śmierci piskląt i narażając ich na więcej drapieżników. Spośród stu piskląt tylko jeden lub dwa przeżywają średnio swój pierwszy rok.
Zielone żółwie morskie są również narażone na zanieczyszczenia, rozwój człowieka i choroby, które znacznie zmniejszają populację. Niektóre z nich zaplątują się w komercyjne sieci rybackie i topią się, podczas gdy inne mogą jeść śmieci lub odpady morskie i umierać w ten sposób. Każdego roku żółwie są również ranne w wypadku śmigieł łodzi. Rozwój przybrzeżny eliminuje znane lęgowiska, pozostawiając żeńskie zielone żółwie bez bezpiecznego miejsca do składania jaj. Zielone żółwie morskie są również podatne na fibropapilloma, chorobę o nieznanym pochodzeniu, która powoduje wzrost guzów na ich miękkich tkankach.
