Utrata różnorodności biologicznej w środowisku morskim przypisywana jest wielu źródłom, w tym działaniom człowieka, takim jak polowanie i połowy komercyjne, dodawanie toksyn i chemikaliów do otaczających wód oraz utrata lub degradacja siedlisk przybrzeżnych. Wiele czynników przyczynia się do utraty morskiej różnorodności biologicznej, ale działalność człowieka należy do najgorszych przestępców. Komercyjne połowy, na przykład, usuwają kluczowe organizmy ze środowiska, co zakłóca łańcuch pokarmowy i pozbawia inne organizmy ich tradycyjnych źródeł żywności.
Utrata różnorodności biologicznej przypisywana jest zdarzeniom krótko- i długoterminowym. Rozlewy ropy naftowej, sztormy i rybołówstwo są przykładami bezpośrednich zagrożeń dla środowiska morskiego. Toksyny i związki chemiczne gromadzące się w strumieniach i drogach wodnych oraz wzrost obszarów miejskich i centrów miast, które zastępują mokradła i siedliska przybrzeżne sztucznymi strukturami, są dodatkowymi czynnikami.
Wiele gatunków morskich spędza życie wędrując na duże odległości i rozmnażając się za pomocą metod szerokiego rozpowszechniania, takich jak rozprzestrzenianie się jaja na silne prądy oceaniczne. Szlaki dyspersyjne mogą zostać przerwane przez trudne warunki środowiskowe i inne czynniki, które ostatecznie zagrażają przetrwaniu gatunków zależnych od rozprzestrzeniania się. Zanieczyszczenie substancjami i chemikalia są również przyczyną utraty różnorodności biologicznej. Tylko najtwardsze gatunki mogą przystosować się do zmienionych warunków spowodowanych przez dodanie toksyn i chemikaliów do swoich ekosystemów, które eliminują najsłabsze i najbardziej wrażliwe organizmy.
