Biolodzy badający związki między grupami zwierząt są znani jako taksonomowie i dysponują szeroką gamą narzędzi do określania dokładnej filogenezy organizmów. Wśród nich są: anatomia brutto, podobieństwo białek i bezpośrednie sekwencjonowanie genów, w powiązaniu z Rediscovering Biology.
Jedna z metod klasyfikacji organizmów datuje się na początek klasycznej taksonomii i wiąże się z poważnym anatomicznym porównaniem fizycznych cech żywych istot. Podobieństwa między nimi można w ten sposób wykreślić na szorstkim drzewie prawdopodobnego pokrewieństwa między gatunkami. Według Rediscovering Biology, ta metoda działa dobrze w klasycznym systemie opracowanym po raz pierwszy przez Charlesa Linna w XVIII wieku.
Bardziej nowoczesna metoda, uwzględniająca prawdziwe relacje ewolucyjne między żywymi istotami, znana jest jako cladism. Ta metoda ma na celu stworzenie prawdziwego drzewa życia, które może być przydatne do identyfikacji historii i związków organizmów. System ten często opiera się na bezpośredniej analizie anatomii brutto, tak jak w przypadku klasycznej taksonomii, a także badaniu organizmu na poziomie molekularnym w celu porównania białek. Według Rediscovering Biology, kladyści czasem uciekają się do bezpośredniego, punkt po punkcie, porównania sekwencji nukleotydów organizmów w poszukiwaniu wskazówek dotyczących ich prawdziwego dziedzictwa.
