Przykłady oddychania beztlenowego obejmują redukcję azotanów, denitryfikację, redukcję siarczanów i redukcję węglanów. Wszystkie te metody wykorzystują akceptor elektronów inny niż tlen i mają system transportu elektronów związany z błoną. Te beztlenowe mechanizmy syntetyzują także trifosforan adenozyny, czyli ATP, poprzez syntazę ATP.
W redukcji azotanów organizmy używają azotanu zamiast tlenu jako końcowego akceptora elektronów. Ponieważ ten proces jest nieefektywny, organizmy, które stosują redukcję azotanów, robią to tylko w warunkach, gdy tlen jest znacznie bardziej dostępny niż azotan. Denitryfikacja jest procesem pokrewnym, który pozwala organizmom na dalsze zmniejszenie azotanu, który może przyjąć do sześciu więcej elektronów, do azotu gazowego. Toksyczne produkty uboczne denitryfikacji są dokładnie regulowane przez organizm w złożonym procesie, który wymaga dużej liczby genów. Ze względu na złożoność denitryfikacji, niewiele organizmów jest w stanie z niego korzystać. Denitryfikacja ma również wpływ na globalny cykl azotowy, ponieważ większość elektrowni nie jest w stanie używać azotu i zamiast tego polegać na azotanie z gleby.
Redukcja siarczanu jest używana przez organizmy żyjące w środowiskach całkowicie pozbawionych tlenu. Osiem elektronów dodaje się do siarczanu, który zwykle staje się siarkowodorem. Przy jeszcze niższym zużyciu energii niż azotan redukcja siarczanu daje energię wystarczającą do syntezy ATP. Wodór i małe kwasy organiczne, takie jak octan i mleczan, są powszechnymi reduktorami siarczanu. Redukcja węglanu jest porównywalnie nieefektywna, ale węglan ma powszechny charakter. Uważa się, że ten proces beztlenowy jest jednym z najstarszych, ponieważ był używany przez członków Archaea.
