Zapylenie krzyżowe, czyli gdy pyłek jednej rośliny zapładnia inną roślinę tego samego gatunku, występuje w ogromnej liczbie roślin, w tym w kukurydzy, wierzbach, trawach i drzewach oliwnych. Duży liczba upraw żywnościowych jest zapylana krzyżowo, w tym squash, cebula, brokuły i szpinak.
Zapylenie krzyżowe może występować tylko pomiędzy członkami tego samego gatunku. Na przykład niemożliwe jest stworzenie hybrydy ogórka i cukinii, ponieważ są one odrębnymi gatunkami w obrębie tej samej rodziny. Można jednak przekroczyć cukinię z inną kabaczką, taką jak dynia, ponieważ należą one do tego samego gatunku.
Przeciwieństwem zapylenia krzyżowego jest samozapylenie, w którym roślina wytwarza zarówno męskie, jak i żeńskie narządy, które zapylają się same. W naturze zapylenie krzyżowe może występować na wiele różnych sposobów, ale główne metody rozprzestrzeniania pyłków przez wiatr, owady, ptaki i inne zwierzęta. Jednak ludzie krzyżują rośliny w celu wytworzenia gatunków hybrydowych.
Kiedy roślina jest zapylana krzyżowo, powstałe nasiona zawierają cechy obojga rodziców, ale zapylenie krzyżowe nie ma wpływu na produkowane owoce lub warzywa. Jedynym wyjątkiem jest kukurydza, w której wynikowe uszy zwykle zawierają aspekty obu roślin zapylanych krzyżowo.