Cecha homologiczna dzielona między dwoma gatunkami jest właściwie tym samym, co synapomorfia, ale synapomorfia jest terminem preferowanym we współczesnej biologii. Oba terminy odnoszą się do podobieństw między różnymi gatunkami wywodzącymi się ze wspólnego pochodzenia. Podobieństwa między gatunkami, które nie pochodzą od wspólnych przodków, nazywane są cechami zbieżnymi.
Termin "homologia" został po raz pierwszy użyty przez Roberta Owena, analityka porównawczego w XIX wieku, który szczególnie zauważył podobieństwa w kończynach przednich kręgowców. Każda kończyna przednia kręgowca ma podobne struktury i układy kości. Charles Darwin później zasugerował, że te podobieństwa wynikają ze wspólnego pochodzenia. Zmiana z zastosowania homologii na synapomorfię polegała na tym, że poprzednia została użyta przed opracowaniem teorii ewolucji. Ten ostatni termin jest używany tylko przez naukowców z tą perspektywą, a więc jego znaczenie obejmuje pojęcia ewolucyjne.
Każda cecha, która kwalifikuje się jako synapomorfia, jest tą, która jest dzielona wśród potomków wspólnego przodka, ale nie z innymi grupami. Skrzydło nietoperza i skrzydło ptaka mają bardzo różne układy kości, pomimo podobnych zewnętrznych kształtów. Ponieważ podobieństwa nie pochodzą od wspólnego przodka, są przykładem zbieżnej ewolucji, a nie synapomorfii.
