Chlor może zabijać korzystne mikroorganizmy w glebie, przez co wpływa na wzrost roślin; jednak większość chlorowanej wody pitnej nie jest wystarczająco skoncentrowana, aby negatywnie wpłynąć na życie roślin na danym obszarze. Wynika to z faktu, że wskaźnik reprodukcji mikroorganizmów w glebie jest tak wysoki, że mają tendencję do ponownego rozmnażania się przed roślina może negatywnie wpływać na glebę.
Większość społeczności dodaje niewielką ilość chloru do wody pitnej, aby zapewnić bezpieczeństwo mieszkańcom. Typowa woda pitna nie zawiera wystarczająco dużej ilości chloru, aby naprawdę wyeliminować korzystne mikroorganizmy w glebie, co w minimalnym stopniu wpłynie na wzrost roślin. Korzystne mikroorganizmy występujące w glebie rozmnażają się z tak wysoką szybkością, co powoduje, że skutki chlorowanej wody są niemal bezcelowe.
Chlor wiąże również powierzchnie cząstek gleby, co zmniejsza zdolność chloru do niszczenia pożytecznych mikroorganizmów. Ponadto, ponieważ chlorowana woda spływa do niższych poziomów gleby, chlor wiąże się z powierzchniami tych cząstek gleby, co oznacza, że woda zawiera mniej chloru, gdy przesuwa się w dół. Badania pokazują, że gleba poddana chlorowanej wodzie pitnej wykazywała jedynie redukcję mikroorganizmów w górnej 1/2 cala gleby. Mikroorganizmy w glebie na głębokościach większych niż 1 cal nie były dotknięte przez chlor.
