Ekoturystyka może przynieść potrzebne fundusze na działania związane z ochroną na całym świecie, ale może też stresować dziką przyrodę i lokalną populację, jeśli nie jest właściwie traktowana. Im więcej odwiedzających ma delikatny ekosystem każdego roku, tym bardziej prawdopodobny jest ruch w celu niszczenia siedlisk i wpływania na lokalne środowisko. Ekoturystyka może również wnieść inwestycje i rozwój zewnętrzny do regionu kosztem lokalnych miejsc pracy i infrastruktury.
Jedną z głównych wad ekoturystyki jest to, że często przekształca ona lokalną gospodarkę w gospodarkę turystyczną, dławiąc naturalne perspektywy gospodarcze tego obszaru na rzecz obsługi zamożnych cudzoziemców. Może to zniszczyć lokalny przemysł i rolnictwo, ponieważ pracownicy znajdują lepsze płace służące gościom i mogą doprowadzić do gospodarczej spirali. Zewnętrzny napływ gotówki może to zrekompensować w pewien sposób, ale sprawia, że lokalna gospodarka jest całkowicie zależna od zagranicznych funduszy, co jest niepewną sytuacją gospodarczą.
Departamenty turystyki muszą zachować równowagę między dostępem do rzadkich gatunków dzikich zwierząt i ochroną zagrożonych roślin i zwierząt. Jeśli turyści nie mogą zobaczyć rzadkich siedlisk i ich mieszkańców, nie ma powodu, aby odwiedzać ten obszar, ale zbyt duży ruch może mieć negatywny wpływ. W przypadku słabej regulacji lokalne przewodniki mogą zaoferować odwiedzającym szansę obejścia regulowanych działań, potencjalnie szkodząc zwierzętom w centrum branży ekoturystycznej.
