Jedną z największych wad energii hydroelektrycznej jest poważne zakłócenie spiętrzenia rzeki przez otaczające go osoby, zwierzęta i środowisko. Innym problemem jest to, że elektrownie wodne i elektrownie wodne potrzebują wiele lat na zbudowanie i są niewiarygodnie drogie, chociaż po ukończeniu mają tylko minimalne koszty. Woda musi być obfita w okolicy, a standardy konserwacji muszą być surowe.
Zdolność elektrowni wodnej do wytwarzania energii elektrycznej zależy wyłącznie od przepływu wody, więc wymaga lokalizacji z regularnymi opadami. Jeśli dostateczna ilość opadów nie spadnie każdego roku, aby stale wypełniać zbiornik utworzony przez zaporę, elektrownia wodna nie będzie mogła w sposób ciągły wytwarzać energii elektrycznej.
Kiedy obszar zostanie zalany po zbudowaniu tamy, drzewa i inne rośliny w tym obszarze szybko umierają i zaczynają się rozkładać. Kiedy tak się dzieje, metan i dwutlenek węgla są uwalniane do zbiornika, a ostatecznie do atmosfery. Zapora powoduje również inny problem, gdy woda wychwytuje dodany przez nią azot, który może być toksyczny dla ryb i spowodować śmierć populacji morskich.
Zapory stanowią także duże ryzyko, jeśli ulegną zniszczeniu lub zniszczeniu, co spowoduje wysłanie ogromnej ściany wody i zniszczy cokolwiek w dół.
