Spektrometr masowy jest drogim przyrządem, który nie może odróżnić izomerów optycznych lub geometrycznych. Służy do analizy masy, formuły i struktury związku, mierząc stosunek ładunku do masy fragmentów .
Spektrometr mas nie rozróżnia geometrycznych izomerów związku. Izomery geometryczne to związki o tym samym wzorze cząsteczkowym, ale o innym wzorze strukturalnym; są one określane jako izomery cis i trans. Rozważmy na przykład związek organiczny 1,2-dichloroeten. Spektrometr mas nie może odróżnić i zidentyfikować dwóch izomerów geometrycznych tego związku, a mianowicie trans-1,2-dichloroetenu i cis-1,2-dichloroetenu.
Spektrometry masowe nie potrafią odróżnić izomerów optycznych. Izomery optyczne są nienakładającymi się na siebie obrazami lustrzanymi i są określane jako enancjomery. Na przykład alanina jest aminokwasem, który składa się z form (+) i (-). Enancjomery reagują inaczej na światło spolaryzowane.
Spektrometry masowe nie potrafią odróżnić podstawników orto (o-), meta (m-) i para (p-) związków aromatycznych. Dezaktywacja może zachodzić w trzech różnych orientacjach w związku aromatycznym. 1,2-dwupodstawiony jest określany jako pierścień ortoaromatyczny, podczas gdy 1,4-dwupodstawiony jest określany jako pierścień para-aromatyczny. 1,3-dipodstawiony jest określany jako pierścień meta-aromatyczny.
Spektrometry masowe nie identyfikują podobnych pofragmentowanych jonów w węglowodorach. Proces jonizacji czasami powoduje zbyt duże rozdrobnienie, więc nie jesteśmy w stanie określić, czy najwyższy jon masy jest jonem cząsteczkowym węglowodorów.
