Główną wadą stosowania sztucznych lub nieorganicznych nawozów, według rozszerzenia Clemson University, jest ryzyko zanieczyszczenia wód gruntowych, a niektóre nawozy nieorganiczne mogą uszkodzić rośliny, jeśli pozwolono im pozostać na liściach. Ponadto, nie dodają one tak wielu składników odżywczych do gleby, jak nawozów organicznych i muszą być stosowane częściej niż nawozy naturalne, zgodnie z wydaniem Oregon State University Extension.
Składniki odżywcze w nawozach sztucznych nie pozostają w glebie przez bardzo długi czas. Z tego powodu ogrodnicy muszą częściej stosować nawozy nieorganiczne do gleby niż nawozy organiczne. Nawozy nieorganiczne, które wolniej uwalniają składniki pokarmowe do gleby, a tym samym wymagają mniejszej liczby aplikacji, są dostępne u niektórych producentów.
Sztuczne nawozy przechodzą proces produkcyjny, podczas gdy nawozy organiczne, takie jak obornik, zazwyczaj nie są poddawane tego rodzaju obróbce. Proces obróbki tworzy nawozy, które są bardzo wysokie w trzech podstawowych składnikach odżywczych, jakich potrzebują rośliny, takie jak azot, fosfor i potas. Ponieważ nawozy nieorganiczne mają tak wysokie stężenie tych minerałów, działają one szybciej niż nawozy sztuczne, takie jak obornik i kompost. Właśnie dlatego nawozy sztuczne są tak popularne wśród ogrodników i rolników, mimo ich potencjalnych wad.
