Jedną z wad zielonej chemii jest to, że przejście od starego produktu lub procesu do nowego wymaga czasu. Przeprojektowanie nowego procesu lub produktu jest często trudne, a brak jedności na tym, co jest uważane za bezpieczniejsze.
Innym obszarem zainteresowania ekologiczną lub zrównoważoną chemią jest zastąpienie tradycyjnych pestycydów lub chemikaliów stosowanych w rolnictwie biopestycydami, które są pestycydami pochodzącymi z naturalnych materiałów, takich jak rośliny i zwierzęta. Jednak proces jest powolny, ponieważ na dużą skalę koszty produkcji są wysokie.
Zielona chemia promuje projektowanie produktów chemicznych i procesów, które zmniejszają produkcję niebezpiecznych substancji.
