Neptun ma kolor jasnoniebieski, a także obszary ciemnoniebieskie. Na kolor Neptuy wpływa przede wszystkim obecność metanu w jego atmosferze. Ogromne burze, które wyglądają jak duże owalne ciemne plamy, zaobserwowano również na Neptunach przez bezzałogową statkę kosmiczną Voyager 2 i przez astronomów oglądających Neptun z Kosmicznego Teleskopu Hubble'a.
Atmosfera Neptuna zawiera jasne chmury w kształcie chmur Cirrus, które zmieniają się regularnie. Neptun ma również sześć pierścieni, które składają się z bryłek pyłu zwanych łukami. Neptun jest bardzo zimną planetą ze względu na odległość od Słońca, która wynosi 2,8 miliarda mil.
