Cząsteczki powstają, gdy dwa lub więcej atomów jest połączonych chemicznie poprzez wiązanie kowalencyjne. Atomy mogą być tego samego elementu lub różnych elementów. Jeśli cząsteczka jest utworzona przez więcej niż jeden element, jest określana jako związek chemiczny.
Właściwości cząsteczki są wynikiem zaangażowanych pierwiastków i właściwości wiązań kowalencyjnych, które je łączą. Wiązanie kowalencyjne występuje, gdy atomy dzielą się elektronami, co tworzy wiązanie, które nie dysocjuje łatwo. Różnica w wartościach elektroujemności między atomami determinuje rodzaj tworzonego wiązania. Jeżeli wartości elektroujemności są bardzo podobne, powstanie niepolarne wiązanie kowalencyjne. Jeżeli różnica w wartościach elektroujemności jest znacząco różna, ale nie bardzo, to powstanie polarne wiązanie kowalencyjne. Wiązania polarne w cząsteczce mogą dodać do ogólnej polarności cząsteczki i nadać jej specjalne właściwości jako cząsteczki polarne.
Wiązania jonowe występują, gdy istnieje ogromna różnica w elektroujemności dwóch atomów. Wiązania jonowe wiążą się z przenoszeniem elektronów z jednego atomu na drugi w celu utworzenia naładowanych jonów, które łączą się ze sobą. Związki jonowe nie są cząsteczkami. Ponieważ wiązania kowalencyjne powstają tylko pomiędzy niemetali, cząsteczki będą się składać tylko z niemetalicznych pierwiastków.