Embriologia porównawcza wspiera teorię ewolucji, ponieważ naukowcy odkryli, że zarodki wielu różnych gatunków wykazują podobieństwa, co oznacza, że mają wspólne pochodzenie. Na przykład u ludzi zarodek przechodzi przez etap w którym ma strukturę skrzelową podobną do ryb. Ludzkie zarodki mają również ogon podobny do innych naczelnych, chociaż ogon jest zwykle ponownie wchłaniany przed urodzeniem, co sugeruje, że nawet jeśli ich dorosłe formy są różne, wszystkie te gatunki mają wspólnego przodka.
Co więcej, zarodek służy jako mikrokosmos do ewolucji. Zarodek przechodzi przez wiele etapów ewolucji, aż w końcu osiąga swoją postać dorosłą.
O ile pojawienie się przodków w zarodkach wielu organizmów jest dobrze udokumentowane i może dostarczyć wglądu w ewolucję gatunku, wczesna próba wyciągnięcia bezpośrednich paraleli między rozwojem embrionu (ontogeneza) a rozwojem jego rozwoju. Gatunki (filogeneza), znane jako Teoria Rekapitulacji, są powszechnie uważane za zdyskredytowane przez późniejszą naukę.
