Zgodnie z tradycją nazywania planet po starożytnych rzymskich bogach, Pluton wywodzi swoją nazwę od rzymskiego boga podziemi. Obserwatorium Lowell nazwał planetę po otrzymaniu sugestii od 11-letniej Venetii Burney z Oksfordu w Anglii. Pluton oficjalnie otrzymał swoją nazwę 24 marca 1930 roku.
Obserwatorium Lowell otrzymało ponad 1000 sugerowanych nazw dla planety. Burney początkowo zasugerował nazwę swojemu dziadkowi, który przekazał tę sugestię astronomowi. Astronom, Herbert Hall Turner, przekazał tę nazwę astronomom w Lowell Observatory w Flagstaff, Ariz. Nazwa Pluto została wybrana jednogłośnie z krótkiej listy, która zawierała również sugerowane nazwy Minerva i Cronus.
Księżyce Plutona zostały nazwane po postaciach związanych z bogiem Plutonem. Charon, pierwszy odkryty od księżyców Plutona, nosi imię przewoźnika rzymskiego podziemia, który przeprawia dusze zmarłych przez rzekę do podziemnego świata. Odkryte dziesięciolecia później księżyce Nix i Hydra zostały nazwane odpowiednio od imienia matki Charona i wielogłowicowego strażnika podziemi. Później odkryte księżycy noszą imię Kerberosa, trójgłowego psa z greckiej mitologii i Styksa, nazwy rzeki, przez którą Charon przeprawia dusze do podziemi.
Chociaż Pluton jest ogólnie przyjętą nazwą planety, niektóre języki używają nazw podziemi z różnych tradycji. Niektóre języki wschodnioazjatyckie nazywają planetę Meiosei. W języku hindi planeta nazywa się Yama, podczas gdy u Maorysów planeta nazywa się Whiro.
