Podczas gdy sam wapień nie ma wpływu na środowisko, wydobywanie wapienia może mieć negatywny wpływ. Z drugiej strony środowisko może wpływać na wapień poprzez niszczenie go.
Wydobywanie wapienia może zanieczyszczać wodę i tworzyć zatory. Kiedy wapień rozpuszcza się, gdy jest jeszcze w ziemi, tworzą się jaskinie i wąwozy, naturalne zjawisko znane jako kras. Chociaż nie szkodzi to środowisku w jego naturalnej formie, po wydobyciu wapienia, zapory mogą tworzyć i zakłócać podziemne drogi wodne. Zmienia to naturalny poziom wody. Rzeczywisty proces wydobycia zmienia również istniejące drogi wodne, dodając wodę do strumieni i innych zbiorników wodnych, które nie tylko zalewają okolicę, ale również dodają do niej zanieczyszczenia. Jednocześnie czerpie wodę z innych obiektów, takich jak jeziora i stawy.
Wapień może zostać uszkodzony przez otoczenie przez erozję pogodową i wodę. Kamień pochłania wodę, która może z czasem ją pogarszać. Jeśli woda ma wysoką zawartość kwasowości, uszkodzenie jest bardziej natychmiastowe. Wiatr może niszczyć kamień. Wapień jest również podatny na odbarwienia przez wystawienie na działanie oleju, barwników, a nawet substancji organicznych, takich jak ptasie odchody lub rozkładające się substancje roślinne. Może nawet dostać plamy rdzy, jeśli zostanie wystawiony na działanie żelaza utleniającego.
