Kategoria morskich stworzeń w rodzinie mięczaków, zwana małżami, jest źródłem pereł. Do tej grupy zwierząt morskich należą małże, małże i ostrygi. Każdy gatunek małży ma zdolność do produkcji pereł.
Wewnątrz niektórych mięczaków tworzą się perły jako mechanizm obronny. Kiedy obcy przedmiot utknie na przykład w ostrydze, ostryga reaguje na powleczenie obiektu dwoma białkami. Ta warstwa białka sprawia, że obiekt jest mniej bolesny dla istoty. Z biegiem czasu ostryga przykrywa obiekt kilkoma warstwami białka, a ta kolejna warstwa ostatecznie tworzy perłę.