Zanieczyszczenie rzeki pochodzi z różnych źródeł, w tym z działalności rolniczej, wyładunku przemysłowego, oczyszczalni ścieków i spływu wód deszczowych, które przenoszą zanieczyszczenia do dróg wodnych. Źródła są klasyfikowane jako źródła punktowe, jeśli zanieczyszczenie pochodzi z jednego, możliwego do zidentyfikowania źródła i źródeł bez punktu, jeżeli zanieczyszczenie jest wynikiem spływu na dużym obszarze. Ponieważ rzeki czerpią z wielu źródeł, mogą zawierać wiele różnych zanieczyszczeń.
Zanieczyszczenia punktowe to najłatwiejszy rodzaj zanieczyszczenia rzeki, który można skorygować, ponieważ można go zidentyfikować na podstawie pojedynczego źródła. Operacja przemysłowa może przypadkowo uwolnić nieoczyszczone zanieczyszczenia do rzeki, lub powódź w oczyszczalni ścieków może spowodować przepływ ścieków do wody. Te rozlania mogą być ogromne i uwalniać duże ilości zanieczyszczeń w krótkim okresie czasu, ale kiedy problem zostanie naprawiony, rzeka może w końcu odzyskać.
Zanieczyszczenie Nonpoint-source jest znacznie trudniejsze. Gdy deszcz lub woda powodziowa przelatuje nad lądem, zbiera wszelkie obecne zanieczyszczenia. Oleje i tłuszcze z jezdni, nadmiar azotu i pestycydy z ziemi uprawnej, metale ciężkie pochodzące z procesów wydobywczych i złomowania oraz luźny osad mogą znaleźć się w rzece, przenoszone przez obieg wody przez spływ.
